Οι σκύλοι που περισυλλέγονται υπόκεινται σε κτηνιατρική εξέταση, αποπαρασίτωση,
στείρωση, εμβολιασμό καθώς και σε έλεγχο κάποιων μεταδιδόμενων ή μη ασθενειών.
Υποχρεωτικός είναι πλέον ο έλεγχος για τη Λεισμανίωση, μιας νόσου που μεταδίδεται στους σκύλους μέσω της σκνίπας. Ζώα τα οποία είναι οροθετικά στη νόσο παραμένουν στο κυνοκομείο για όσο διάστημα χρειαστεί ώστε να γίνει η κατάλληλη θεραπεία.
Τα ζώα αφού στειρωθούν και εμβολιαστούν σημαίνονται ηλεκτρονικά (ηλεκτρονικό μικροτσίπ) και καταγράφονται στα αρχεία της υπηρεσίας ως αδέσποτα καθώς και στη διαδικτυακή ηλεκτρονική βάση του Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων.
Μόλις ο σκύλος έχει ολοκληρώσει τις παραπάνω διαδικασίες και δεν υπάρξει ενδιαφερόμενος ιδιοκτήτης, τότε επαναφέρεται στο φυσικό του περιβάλλον, στο σημείο από όπου περισυλλέγη.
Επομένως οι πολίτες οφείλουν να γνωρίζουν ότι το δημοτικό κυνοκομείο δεν είναι ένας χώρος μόνιμης κατοικίας των αδέσποτων σκύλων.